Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
➤ Gửi thông báo lỗi ⚠️ Báo cáo tài liệu vi phạmNội dung chi tiết: Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
DẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG DẠI HỌC KHOA HỌC Tự NHIÊNTẠ VÁN NHÂNÁP DỤNG PHƯONG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIÊN THẺ GEN( ’huyên ngàn Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen nh: Khoa học (ỉừ liệuMã số: 8904468.01QTDLUẬN VĂN THẠC SỲ KHOA HỌCNGƯỜI HƯỚNG DẦN KHOA HỌC PGS.TS. NGƯYỀN THỊ HỎNG MINHHà Nội - Năm 2021MỞ ĐẦUGiải trình lự DNA (lang ngày càng trỏ nền nhanh chóng và kinh tế. Tuy nhiên, để ráp các trình tự thu được dựa trên bộ gcn tham chiếu vả tìm kiếm các biến thể, Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen chúng La. cần có những hộ thống diì mạnh dể xứ lý và phân tích dữ liệu. Phương phấp dóng hang trình tự là một giai pháp hữu hiện cho vấn dề này. Dã cÁp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
ó nhiều kết quà nghiên cứu liên quan tới phương pháp cùng như phát triển công cụ dóng hàng trình lự dược cóng bố. Tuy nhiên vấn dề về thòi gian thực hDẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG DẠI HỌC KHOA HỌC Tự NHIÊNTẠ VÁN NHÂNÁP DỤNG PHƯONG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIÊN THẺ GEN( ’huyên ngàn Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen âu kì thuật dóng hàng trình tự. dề xuất cài tiến de tăng hiệu quả về thời gian cùa thuật toán cũng như khà năng triển khai trên các hạ tầng tính toán phổ dụng. Dồng thời áp dụng thuật toán để khám phá trong phạm vi rộng hơn các biến the gen so vói một số nghiên cứu trước dây, khám phá mức độ ành hưở Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen ng của các biến the đến chức năng cùa Protein.Cụ the trong nghiên cứu này, chúng tôi phái triển thuật toán dóng hàng dựa trên chuyên dạng Burrows-WheeÁp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
ler và thuật loan Smith-Waterman. Trong đó, các mã già được viết chi tiết đo có the triển khai bằng các ngôn ngữ lập trình khác nhau. Chúng tôi sừ dụnDẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG DẠI HỌC KHOA HỌC Tự NHIÊNTẠ VÁN NHÂNÁP DỤNG PHƯONG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIÊN THẺ GEN( ’huyên ngàn Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen được triển khai có the chạy trên các hệ thống tính toán hiệu nàng cao nhiều bộ xữ lí, và cùng có the chạy trên các máy tính cá nhân với khá nấng tận dụng tất Cỉí các logic proccessor của bộ xớ lí. Ket qua thực nghiệm thuật toán bằng chương trình của chúng tôi được so sánh với kết quả nhận được từ cô Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen ng cụ BWA-MEM nhầm kiếm nghiệm tính chính xác cùa thuật toán mà chúng lôi phái Iriẽn. Dồng thời, việc thử nghiệm này cũng giúp hiểu rò hơn VC các thamÁp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
số cho phù hợp với dữ liệu đe sừ dụng thuận lợi các công cụ dóng hàng trên các hệ thống dã có.Trong chương 1. luạn van giói thiệu một số kiên thức cơDẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG DẠI HỌC KHOA HỌC Tự NHIÊNTẠ VÁN NHÂNÁP DỤNG PHƯONG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIÊN THẺ GEN( ’huyên ngàn Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen h tự và nhừng đề xuất câi tiến được trình bày chi tiết trong chương 2. bao gồm cả phần phương pháp và phầniithực nghiệm. Cuối cùng, trong chương 3 trình bày nhưng kết quà áp dụng các phương pháp và công cụ dóng hàng (lẽ lìm biến the gen ciìa bệnh lâm thần phân liệt (Schizophrenia), một hội chứng rối Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen loạn tâm thần nghiêm trọng có liên quan đền nhiều gcn với yếu tố di truyền cao. Dữ liệu được tiền xử lý và khớp với bộ gen tham chiến sử dạng thnậl tÁp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
oán dựa tron chuyến dạng Burrows XVhtìelcr. San đó. thuật toán dóng hàng Smith-Waterman sắp xốp lại các Haplotype ở một sổ vùng hoạt động giúp kết quàDẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG DẠI HỌC KHOA HỌC Tự NHIÊNTẠ VÁN NHÂNÁP DỤNG PHƯONG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIÊN THẺ GEN( ’huyên ngàn Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen c gen SC được so sánh vởi một số kết quả nghiên cứu của một số nhà khoa học vả tố chức đã được công bố.iiiLời cảm ơnTnróc hết. tôi xin được tó lòng biết ơn và gửi lời cám ơn chân thành đến PGS.TS. Nguyễn Thị Hống Minh, người trực tiếp hướng dẫn luận vãn. dã tận tình chỉ bảo và dinh hưóng giúp lôi tì Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen m ra hưóng nghiên cứu, liếp cận thực tế. tìm kiếm tài lieu, xứ lý và phân lích số liệu, giải quyết vấn dề. Tói cùng xin được gừi lời cảm ơn đến NCS. NÁp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
guyễn Hà Linh (KU Leuven) dã giúp giai dáp cho tôi một số vấn dề chuyên môn về Tin sinh học, trong dó có một phần nội dung dà dược dàng trên kỉ yếu HộDẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG DẠI HỌC KHOA HỌC Tự NHIÊNTẠ VÁN NHÂNÁP DỤNG PHƯONG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIÊN THẺ GEN( ’huyên ngàn Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen ý báu. Tói xin bày tỏ lòng biết ơn sân sac đến Quý thầy cô giáng viên Khoa Toán-Cơ-Tin học. trường Dại học Khoa học tự nhiên. Dại học Quốc gia Hà Nội đã tận tình truyền dạt những kiến (hức chuyên môn sâu và rộng trong suốt quá trình tói học tạp tại trường.Lời câm ơn xin được gửi tới bạn bè cùng lớp Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen thạc sĩ Khoa học dữ liệu khóa 1 dà luôn chia se. trao dối kiến thức, và thông tin đến tói những diều cần thiết.Xin chân thành cảm ơn các thầy cô, cácÁp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
kì thuật viên Trung tâm Dộng lực Thủy khí Mòi trường, Trường Dại học Khoa học Tự nhiên dã giúp dữ. tạo diều kiện de tôi có the sir dụng hệ thống máy cDẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG DẠI HỌC KHOA HỌC Tự NHIÊNTẠ VÁN NHÂNÁP DỤNG PHƯONG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIÊN THẺ GEN( ’huyên ngàn Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen à tôi sứ dụng trong phần thực nghiệm của dề tài.Cuối cùng, nhưng tron tất câ là sự biết ơn tói Gia dinh. Bố, Mẹ, Vợ. Em trai và các Con yên thương luôn dồng hành, dộng viên và tạo diều kiện về mọi mặt đe tôi dược tham gia khóa dào tạo và hoàn thành nghiên cứu này.Học ViênTạ Văn NhànivMục lục ♦ •MỎ Đ Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen ẤUiiLời câm ơnivMục lụcVDanh mục các chữ viết tắtviiiDanh sách hình vẽixDẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG DẠI HỌC KHOA HỌC Tự NHIÊNTẠ VÁN NHÂNÁP DỤNG PHƯONG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIÊN THẺ GEN( ’huyên ngànDẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG DẠI HỌC KHOA HỌC Tự NHIÊNTẠ VÁN NHÂNÁP DỤNG PHƯONG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIÊN THẺ GEN( ’huyên ngànGọi ngay
Chat zalo
Facebook