Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
➤ Gửi thông báo lỗi ⚠️ Báo cáo tài liệu vi phạmNội dung chi tiết: Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
DAI HOC. QU 0C GIA. HA N01. TRƯỜNG ĐẶĨ HOC KHOA HQC Tự NHIÉNTẠ VÁN NHẢNÁP DỤNG PHƯƠNG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIẾN THỂ GENChuyên ng Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen gành: Khoa học dữ liệu Mã số: 8904468.01QTDLUẬN VĂN THẠC SỶ KHOA HỌCNGƯỜI HƯỚNG DAN KHOA HOC. PGS TS. NGUYEN THỊ HONG MINHHà Nội - Nảm 2021MỞ ĐẨU..Giải trìn.b tự DMA đang ngày càng trở nên nhạnh chộng và kinh tệ.. Juy nhiên, đè ráp cậc trTnn tự tnu được dựa trên bộ đẹn, tham chieụ và,tirọ kiem cạc b Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen iện the, c.hunqta can cọ những hệlhong đù mạnh đè xử. lý vàz phận tích dư liệuvPhựong pháp dóng. hàng, trình tự lạAmột giai pháp hựu. hiệu cho yạn đếÁp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
nay. Đã có nnjeu kẹt quà nghiên cứu lien qụan tới phương p.hặp cũng.hhư.phát,triện cp.ng.cụ dong hậng trình'tự được công, bó. Tuy nhiên ván đ.é vê thờDAI HOC. QU 0C GIA. HA N01. TRƯỜNG ĐẶĨ HOC KHOA HQC Tự NHIÉNTẠ VÁN NHẢNÁP DỤNG PHƯƠNG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIẾN THỂ GENChuyên ng Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen lạ nghiệnAcứu sâu.kì thuật dóng hàng trình' tự, đê xuat qai tien đe. táng hiệu qua yê thời giạn cùa thuật tpán cũng như kha nặng trièn knaiztren,cac hạ tạ ng; tính toán phò dung. Đóng,thờị.áp dụng thuật tọ.án de khám phá trong phạrhvi rộng hợnz caq biến,thê,gen sò .với pot. ASỐ nghiên cựụ trước đây, Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen chạm, phá mức độ anh hướng cua các biên the đen chức năng cua Protein.Cụ thể trọng nghiên cứu này, chúng tôi phát triển thuat toán dong hang dựa trenÁp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
chuyên dạng Burrows-Wheeler và thuật tọạn Smjfh-Wa.ferrrian. Trong do, các'nĩa già đựợc, viết chi tiệtzđè cộ.thê tẼriẽn khaj bang các ngộn ngữ lập trDAI HOC. QU 0C GIA. HA N01. TRƯỜNG ĐẶĨ HOC KHOA HQC Tự NHIÉNTẠ VÁN NHẢNÁP DỤNG PHƯƠNG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIẾN THỂ GENChuyên ng Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen ows-Wheeler,' cạc chựợng tnnn được ựiên khai,có the chạý trên các hệ thpng ,tính toán hiệu; nặng cap nhi,eu _bỏ xụ- lí, yà cũậg cp tbê chạỷ trên các máy,tính cá phạn vợi khạ năng tận dụng tat cạ cac Ipgic proccessor củạ bộ xử ILKet qua thực" nghiệm thuật toán bang chương trinh của ờhúăng tôi được sọ Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen sánh yợi kẹt,qua nhận, đươc tự cong cụ BWA-MEM nhặm. kiêm..nghiệm tính chjnn xác cùạ thuật tọạn mậ chúng tòi phát, triện. Đống thời, yiệc thử nghiêm.Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
pày curig ẵiúp hieu rò non ve các thajn sô; cho phù' họp vọi .dữ liệu ộé sư ụng thuận lợi các công cụ dóng hàng trên các nệ thống đã có.Trong chương 1DAI HOC. QU 0C GIA. HA N01. TRƯỜNG ĐẶĨ HOC KHOA HQC Tự NHIÉNTẠ VÁN NHẢNÁP DỤNG PHƯƠNG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIẾN THỂ GENChuyên ng Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen ghiện cứuJ5âu yệ phưgng pháp dóng nạng trình tự va những de .xuat cai tien được tnnh bay chi tiét trong chương 2, bào gốm ca phan phương pháp và phâniit;hực nghiệm. Cuối cùng, trong chương 3, trình, bày những kệt quà áp dụng các phgơng pháp và cqng cụ" dong hang đè tim Jjien thè gen của bệnh tam tha Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen n phân liệt (Schizophrenia), .một hội chứng rgi loan tâm than nghiệm trọng có liên ,quan den nhịệự geh với yêu tộ.díi truyẹn cap. Dữ iệụ đụợc tiện xựÁp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
lý,và khớp với bọ gen thạm chiêu sư dụng thuật toán dựa trên chuyên dạng Burrows-Wheeler. Sau đó, thụật toán, dóng hàng Smith-Waterman, sạp xeo lại cáDAI HOC. QU 0C GIA. HA N01. TRƯỜNG ĐẶĨ HOC KHOA HQC Tự NHIÉNTẠ VÁN NHẢNÁP DỤNG PHƯƠNG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIẾN THỂ GENChuyên ng Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen 64CPUsz.Ket quạ nhpng biên the tìm được tren cac gen sẽ được so sanh VOL một sôAkẽt qua nghiên cứu cua một sò nha khoa học và tò chức đả đửợc còng bò.illLời cảmTrước hét tòi xin được* tò lò.ng biết ơn và gửi .lội cám,ơn chân thành đen PGS.TS. Nguyện Thị, nong, Minh, người trực tiếp hướng dãn luận va Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen n, đả tag tình chỉ bập và định hướng giúp toi tìm ra hướng, nghiên. £.ứu, tiếp cận thực .tế,-tìm kiem tài liẹựĩ xưlý và phạn tich sọ liệu* giãi quyệtÁp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
van đe. Tòi củng xin đựợ.c gựi lời cạm ơn đêg N£S. Ngúyeộ Hà ]_mhA%(KU Lẹụvẹn) đà giúp giai dap chợ tôi mot so van đế chuyên môn ye Tin sinh học, tr.oDAI HOC. QU 0C GIA. HA N01. TRƯỜNG ĐẶĨ HOC KHOA HQC Tự NHIÉNTẠ VÁN NHẢNÁP DỤNG PHƯƠNG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIẾN THỂ GENChuyên ng Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen cọn nhận được rặt nhieu sự guan, tarn,,gộp, ý và hộ trợ quý báu. Jpi.xin bay tộ lòng bi.et ơn sậụ sac den Quý thay co giang vien Khp.a Toan-Cq-Tn hoc trường Đạj hoc Khoa noc tunhiên. Đại hoc Qupc gia yà Nội đá tận tinh,t.ruyen Adat những kiện thức chuyên môn sâu và rộng trong sũõt quá trình tôi học Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen tập tại trương.Lời cặm ơn xinAđươc. gửỊtợi bạn bè cùng lớp thạc sĩ Khọa học dừ liêu khóa.l đặ lụộn.chia sẻ, traó đòi kiên thức, và thòng tin đen tỏi nÁp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen
hững điếu can thiết.Xin chân thành câm. ợn pác thấy^cô, các kì thuật viên Trting tậm Đọng,lực Thủy khí. MộịAtrươpgK Trường’,Đại học Khpạ học Tự.nhiêọ DAI HOC. QU 0C GIA. HA N01. TRƯỜNG ĐẶĨ HOC KHOA HQC Tự NHIÉNTẠ VÁN NHẢNÁP DỤNG PHƯƠNG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIẾN THỂ GENChuyên ng Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen ng khại trên NCBI dữ liêu của 7Amâu, bệnh tạm than phân liệt mà tòi sử dụng trong phan thực nghiệm của đê tài.Cuối cùng, .nhunq trên tất cà là sự biết ơn tớixGịa đìph, Bệt Mẹ, Vợ, Em tra.iAva các cọn ỵệu thương luôn đòng hành,, động viên vạ tạq điệu kiện ye mọj mạt đè tôi được tham gia khóa đao tạo Áp dụng phương pháp dóng hàng trình tự cho bài toán dự đoán biến thể gen và hoàn thành nghiên cứu này.Học ViênTạ Văn NhânivMục■MỞ ĐẤUiiLời cám ơnivMục lụcVDanh mục các chừ viết tắtviiiDanh sách hình yeixDAI HOC. QU 0C GIA. HA N01. TRƯỜNG ĐẶĨ HOC KHOA HQC Tự NHIÉNTẠ VÁN NHẢNÁP DỤNG PHƯƠNG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIẾN THỂ GENChuyên ngDAI HOC. QU 0C GIA. HA N01. TRƯỜNG ĐẶĨ HOC KHOA HQC Tự NHIÉNTẠ VÁN NHẢNÁP DỤNG PHƯƠNG PHÁPDÓNG HÀNG TRÌNH TựCHO BÀI TOÁN Dự ĐOÁN BIẾN THỂ GENChuyên ngGọi ngay
Chat zalo
Facebook