Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm
➤ Gửi thông báo lỗi ⚠️ Báo cáo tài liệu vi phạmNội dung chi tiết: Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm
Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm
DẠI HỌC QUỐC GIA TP. Hồ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOALÊ VĂN VINHPHÂN LOẠI TRÌNH Tự METAGENOM1CSTRÊN Cơ SỞ PHÂN LỚP VÀ GOM CỤMLUẬN ÁN TIẾN Sì KỶ TH Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm HUẬTTP. HỒ CHÍ MINH NĂM 2017DẠI HỌC QUỐC GIA TP. Hồ CHÍ MINHTRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOALÊ VĂN VINHPHÂN LOẠI TRÌNH Tự METAGENOMICS TRÊN Cơ SỎ PHÂN LỚP VÀ GOM CỤMLLỈẬN ÁN TIẾN Sì KỲ THUẬTChuyên ngành: Khoa học Máy tính Mã số chuyên ngành: 62480101Phân hiện độc lập 1: PGS. TS. Vũ Thanh NguyênPhân biện độc Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm lập 2: PGS. TS. Huỳnh Thị Thanh BìnhPhản hiện 1: PGS. TS. Nguyen Dức NghĩaPhản hiện 2: PGS. TS. Nguyen Dinh ThúcPhàn biện 3: PGS. TS. Phạm Trần VũNGƯPhân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm
ỜI HƯỚNG DẮN KHOA HỌC1PGS. TS. Trần Vãn Lãng2PGS. TS. Trần Vãn HoàiLỜI CAM ĐOANTác giá xin cam đoan dây là công trình nghiên cứu của hãn thân (ác già.DẠI HỌC QUỐC GIA TP. Hồ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOALÊ VĂN VINHPHÂN LOẠI TRÌNH Tự METAGENOM1CSTRÊN Cơ SỞ PHÂN LỚP VÀ GOM CỤMLUẬN ÁN TIẾN Sì KỶ TH Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm tham khào các nguồn tài liệu (nếu có) đã được thực hiện trích dẫn và ghi nguồn tài liệu tham khảo đúng quy định.Tác giã luận ãn.Lê Vãn VinhTÓM TẮT LUẬN ẤNMetagenomics (còn được gọi là environmental genomics hay community genomics) là lình vực nghiên cứu cộng đồng vi sinh vật. Khác vói phương pháp n Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm ghiên cứu vi sinh vật truyền thống (được gọi là microbial genomics), lĩnh vực này cho phép phân tích trực tiếp mẫu thực nghiệm mà không cần trái qua gPhân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm
iai đoạn nuôi cấy và phân tách từng cá thế trong phòng thí nghiệm. Những dự án nghiên cứu metagenomics mang đến lợi ích trong nhiều lĩnh vực như: nôngDẠI HỌC QUỐC GIA TP. Hồ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOALÊ VĂN VINHPHÂN LOẠI TRÌNH Tự METAGENOM1CSTRÊN Cơ SỞ PHÂN LỚP VÀ GOM CỤMLUẬN ÁN TIẾN Sì KỶ TH Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm c binning), là nham sấp xếp trình tự vào các nhóm có quan hệ sinh loài gần nhau. Công việc này cùng giúp xác định nguồn gốc cùa trình lự trong mầu thực nghiệm, cùng như xác định chúng quan hệ ra sao với sinh vật dà biết. Kềt quá cùa bài toán phân loại có thể được sờ dụng như lá dầu vào cùa những bài Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm toán khác trong một dự án metagenomics nhơ: xác định vị trí xuất hiện gien trên trình tự (annotation), ráp nối trình lự (assembly).Có ba yếu tố chínhPhân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm
mang đến thách thức cho bài toán phân loại trình tự metagenomics hiện nay. Thứ nhất, hầu hết công nghệ giâi mã trình tự thế hệ mói (next-generation sDẠI HỌC QUỐC GIA TP. Hồ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOALÊ VĂN VINHPHÂN LOẠI TRÌNH Tự METAGENOM1CSTRÊN Cơ SỞ PHÂN LỚP VÀ GOM CỤMLUẬN ÁN TIẾN Sì KỶ TH Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm vì thiếu thông tin chứa dựng trong trình tự. Thứ hai. hiệu năng của giải pháp phán loại có giám sát phụ thuộc vào mức độ chính xác và mức độ đầy dú của cơ sơ dữ liệu tham khão. Điều này dẫn dến là những giai pháp này thường khó khản trong việc phân loại bới vì phần lớn vi sinh vật trên trái dất chưa Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm dược khám phá. Cuối cùng, dự án melagenomics thương phài xừ lý cho lượng dữ liệu rất lơn. Yếu tố này không chi làm tăng thơi gian thực thi. mà côn làPhân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm
m giảm độ chính xác khi phân loại cúa các giái pháp.Nghiên cứu này nham mục tiêu dề xuất giâi pháp phân loại cho dữ liệu metagenomics. có khá năng xứ DẠI HỌC QUỐC GIA TP. Hồ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOALÊ VĂN VINHPHÂN LOẠI TRÌNH Tự METAGENOM1CSTRÊN Cơ SỞ PHÂN LỚP VÀ GOM CỤMLUẬN ÁN TIẾN Sì KỶ TH Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm gom cụm. kết hợp khai thác tính chất của dừ liệu, luận án dà có nhửng dóng góp chính như sau.Một là. luận án đề xuất các phương pháp nhàm nâng cao chất lượng của vấn đề phàn loại trình tự dựa trên sự phong phú của hệ gien. Ba đóng góp chính của luận án trong vấn đề nãy là: (1) Sứ dụng mô hình thu g Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm iảm vốn đòi hói ít chi phí tính toán đe tìm ước lượng khá năng cực dại cùa tham số cho mô hình thống ké; (2) Vận dụng phương pháp lựa chọn mô hình nhàPhân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm
m phát hiện số cụm trong tạp dữ liệu, giúp làm tăng chất lượng phân loại. (3) Đề xuất một phương pháp đếm /-mcr vói độ dài thay dối, giúp làm lăng chấDẠI HỌC QUỐC GIA TP. Hồ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOALÊ VĂN VINHPHÂN LOẠI TRÌNH Tự METAGENOM1CSTRÊN Cơ SỞ PHÂN LỚP VÀ GOM CỤMLUẬN ÁN TIẾN Sì KỶ TH Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm ện của một tập trình lự cùng hệ gien dựa trên thông tin gối dầu trình tự. Tập dại diện này cho thấy nó ván chứa dựng dặc tiling tương dồng và hợp thành cùa tập trình tự ban dầu. Do dó. nó có khã nâng báo toàn dặc trưng cua tập dử liệu gốc và có thê dược vận dụng nhằm giúp giâm chi phí tinh toán mà v Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm ần giữ dược chắt lượng của giâi pháp phân loại.lìa là. một giái pháp không giám sát dược đề xuất cho phân loại trình tự sứ dụng dặc trưng tần số xuấtPhân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm
hiện /-mer. và thông tin gối dầu giữa các trình tự. Giâi pháp đề xuất này. dược gọi lã BiMeta. sử dụng ý tương tìm tập dại diện cùa tập trình tự thuộcDẠI HỌC QUỐC GIA TP. Hồ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOALÊ VĂN VINHPHÂN LOẠI TRÌNH Tự METAGENOM1CSTRÊN Cơ SỞ PHÂN LỚP VÀ GOM CỤMLUẬN ÁN TIẾN Sì KỶ TH Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm ược gom thành từng nhóm dựa trên thông tin gối dầu giữa chúng. Pha hai trộn các nhóm vào các cụm dựa trên đặc trưng phân bố tần số xuất hiện Z-mcr dược rút trích lừ tập dại diện của các nhóm này. Phân loại trình tự metagenomics trên cơ sở phân lớp và gom cụm DẠI HỌC QUỐC GIA TP. Hồ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOALÊ VĂN VINHPHÂN LOẠI TRÌNH Tự METAGENOM1CSTRÊN Cơ SỞ PHÂN LỚP VÀ GOM CỤMLUẬN ÁN TIẾN Sì KỶ THGọi ngay
Chat zalo
Facebook